Omics tools in the diagnosis of ultra-orphan ultra-orphan diseases: MED13L haploinsufficiency syndrome

Abstract

Introducción: Las tecnologías de nueva generación han permitido un avance en el diagnóstico y abordaje de enfermedades genéticas ultra-huérfanas ofreciendo mayores posibilidades en tratamiento y consejería genética a las familias. El síndrome de MED13L afecta la proteína MED13L, importante en el desarrollo temprano del corazón, células nerviosas del cerebro y estructuras de la cara. Sus variantes pueden ser las causantes del síndrome de retraso del desarrollo y dismorfia facial con o sin defectos cardíacos.

Presentación de caso: Paciente de 4 años, historia de hipotonía generalizada, retraso global del neurodesarrollo, discapacidad cognitiva y rasgos dismórficos, dada la complejidad clínica se realizó secuenciación del exoma clínico completo con análisis de ADN mitocondrial y variación en el número de copias (CNV) con detección de alteración del Gen MED13L variante c.2965C>G (p.Pro989Ala), significado clínico incierto, con posterior implementación de tecnologías de última generación, y reclasificación de la significancia de la variante a patogénica a través del análisis bioinformático, lo cual permitió llegar al origen específico de la patología.

Conclusiones: Se resalta la importancia del uso de tecnologías de última generación y herramientas bioinformáticas en el diagnóstico específico de las enfermedades complejas. Las nuevas tecnologías actúan como una herramienta de ayuda para instaurar un protocolo dirigido, un asesoramiento genético y así evaluar el riesgo de heredabilidad, pronóstico y perspectivas terapéuticas de las patologías genéticas ultra-huérfanas.

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Abstract

Introduction: New generation technologies have allowed an advance in the diagnosis and approach of ultra-orphan genetic diseases, to offer greater possibilities in treatment and genetic counseling to families. MED13L syndrome affects the MED13L protein, which is important in early development of the heart, nerve cells in the brain, and structures of the face. Its variants can be the cause of developmental delay syndrome and facial dysmorphia with or without heart defects.

Case presentation: 4-year-old patient with history of generalized hypotonia, global neurodevelopmental delay, cognitive disability and dysmorphic features, given the clinical complexity a complete clinical exome sequencing was performed with analysis of mitochondrial DNA and copy number variation (CNV) with detection of alteration of the MED13L gene variant c.2965C>G (p.Pro989Ala), uncertain clinical significance, with subsequent implementation of new generation technologies and reclassification of significance to pathogenic variant through bioinformatic analysis, which allowed reaching the a specific origin of the pathology.

Conclusions: The importance of the use of new generation technologies and bioinformatic tools in the specific diagnosis of complex diseases is highlighted. New technologies act as a tool to help establish a targeted protocol, genetic counseling and thus assess the risk of heritability, prognosis, and therapeutic perspectives of ultra-orphan diseases.